Le fonctionnement de la FFCT repose essentiellement sur le bénévolat et l'implication, à tous les niveaux, de dirigeants passionnés. Les comités départementaux et les ligues régionales permettent une présence active et soutenue auprès des licenciés, mais également des institutions sportives, touristiques et des administrations régionales et départementales.
Les clubs sont les acteurs principaux de la FFCT. A ce titre ils gèrent et assurent :
La Fédération française de cyclotourisme est présente partout où sont traitées les activités liées au vélo, au sport de masse et de pleine nature : sécurité, aménagement, protection de l'environnement... Elle gère l'organisation et le développement du cyclotourisme dans un esprit de convivialité et valorise ainsi dans ses activités, ses trois composantes : tourisme, sport-santé, culture.
On retrouve la FFCT dans bon nombre d'organisations nationales de comités et groupes de travail :
La FFCT est également en contact permanent ou liée par des conventions avec : le ministère de l'Environnement, le ministère des transports, le ministère de l'Intérieur, le ministère du Tourisme, le ministère de l'Équipement, l'Office national des forêts (ONF), la Fédération française de cyclisme, la Fédération nationale des foyers ruraux, la Fédération française de randonnée pédestre, le Conseil national des professions du cycle, la Fédération des gîtes de France, la Fédération unie des auberges de jeunesse...